感染：肛周感染导致脓肿发生后，虽经切开引流或自行破溃，脓汁流出，但感染的内口仍在，粪便、细菌、脓细胞等仍可进入，导致炎症反复发作，外口不能闭合，久之脓腔壁纤维化，形成瘘管；
　　损伤：外伤、异物、粗暴检查等可损伤肛管直肠，伤口感染即可发病；
　　结核：结核病常可并发结核性肛瘘，可能为结核杆菌进入肛窦或血行感染导致；
　　免疫力低下：糖尿病、白血病、再生障碍性贫血等，因机体免疫力降低，可由血行感染引起肛瘘，小儿发病亦多因为免疫力低下所致；
　　其他：溃疡性大肠炎、克隆病、直肠乙状结肠憩室炎、淋巴肉芽肿、放射菌病等也伴发肛瘘。
　　中医认为，痔瘘的发生多因为外感风、热、燥、火、湿邪，饮食醇酒厚味、便秘、泄泻，或内伤肺脾，虚劳久嗽而发病。如《河间六书》指出“盖以风热不散，谷气流滋，传于下部，故令肛门肿满，结如梅李核，甚至乃变为瘘也”，《外科大成》有“脏毒.....因虚劳久嗽而得者，必肛门结肿为栗，破而成瘘”。
　　肛周脓肿切开引流或自行破溃后，之所以不能愈合，形成痔瘘的原因有以下两点：
　　1.原发灶仍在：切开引流或自行破溃都没有解决内口即感染的肛窦，粪便、细菌、脓细胞等仍可进入并存留，导致炎症反复发生，外口不能愈合，脓腔壁纤维化形成瘘道。
　　2.引流不畅：反复感染后脓腔壁纤维化，形成弯曲狭窄的管道，加之括约肌的收缩，致排脓不肠，瘘道难以愈合，或改道另行穿破皮肤，形成支道。