诊断
　　化脓性肛瘘的外口较小、凸起，脓水黄稠，急性期可见局部肿痛，高位肛瘘可伴全身症状。
　　结核性肛瘘的外口较大、凹陷，周围皮肤暗紫色，脓水稀薄，夹有败絮样组织，并可伴有结核病的全身表现。
　　低位肛瘘可在皮下触到硬条索状瘘道，高位或结核性肛瘘一般触及不到明显的条索状瘘道。
　　肛门指诊可在相应内口处触及凸起的小硬块，中央有凹陷及压痛。
　　肛门镜检查可在齿线处见到感染的肛窦，可有脓性分泌物溢出，于外口注入美蓝后可帮助寻找内口。
　　探针由外口进入可探寻到瘘道及内口，但忌用强力，以免造成假道。
　　病理诊断可明确瘘道的性质，有报道病史超过十年者，10%的瘘道可发生癌变。
　　鉴别
　　1.化脓性汗腺炎：也称为大汗腺炎，多发于大汗腺的分布区，如会阴区、腹股沟、腋窝处，有多个溃口，瘘道走行于皮下，涉及范围广，不与直肠相通。
　　2.骶尾部结核：发病缓慢，破溃后流清稀脓液，溃口凹陷，经久不收，可见食欲不振、低热、盗汗、咳嗽等结核病症状。X光片可见骶尾部骨质损害和结核病灶。